文字化け対応
PDT をインストールしたことにより、エンコード文字 UTF-8 で作成された既存プロジェクトの HTML ファイルや CSS ファイルを開いたときに文字化けすることがあります。
meta タグによる charset の指定が HTML ファイルに存在しない場合、エンコード文字を自動判定しようとするのですが、日本語環境においては UTF-8 が定義されておらず、デフォルトの Shift_JIS になってしまうためです。
※ CSS ファイルの場合は @CHARSET “UTF-8”; が必要です。

また、前項のエンコード文字設定は、新規にファイルを作成する際に挿入される charset の定義になります。
したがって、既存ファイルには効果がありません。

対応としては、
個々のファイルにエンコード指定を記述する。
多分、これが正式な対応なのでしょう。
ただ、ファイルの数が多いと、手間が大きくなります。
ちなみに、当サイトでは共通のヘッダー要素は、別ファイルに定義して include で取り込むようにしています。

個々のファイルのプロパティでエンコードを指定する。
これも、ファイルの数が多いと、手間が大きくなります。

個々のファイルを BOM 付 UTF-8 にする。
これも、ファイルの数が多いと、手間が大きくなります。
また、BOM により別の不都合が発生する可能性があります。

eclipse.ini に -Duser.language=en を指定し、Eclipse を英語環境で動作させる。
英語環境でも、日本語表示ができますし、エンコード文字の自動判定に UTF-8 が定義されていますので、文字化けも解消します。
しかし、Eclipse 全体の日時表示が英語圏の形式（例：4/20/10 5:28 PM）になってしまいます。

コンテンツタイプのテキストに拡張子 HTML を追加する。
文字化けは解消しますが、コンテンツタイプがテキストであるため、PDT によるタグの補完やチェック等の機能が使用できなくなります。

HTML エディタを別にインストールする。
meta タグによるエンコード指定がなくても、UTF-8 であることが認識できる HTML エディタを別にインストールして、HTML ファイルの関連付けを、そのエディタにします。
の方法が考えられます。